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Für ausgewählte Fragestellungen zu Arzneimittelrisiken und arzneimittelbezogenen Problemen steht der AMK ein Netzwerk von Referenzapotheken zur Seite. Zu diesem Netzwerk gehören derzeit 847 Apotheken (Stand August 2012) aus allen Bundesländern. Die Auswahl und Benennung von Referenzapotheken obliegt den jeweiligen Landesapothekerkammern. Eine Referenzapotheke sollte folgende Voraussetzungen erfüllen:

• hohes Engagement in den Bereichen Beratung, Aus-/Fort- und Weiterbildung
• etabliertes Qualitätsmanagementsystem
• Internet/E-Mail-Affinität der Apotheke bzw. der Apothekerin/des Apotheker

Allgemein sollten alle Lagen und Größen, das heißt kleine, mittlere und größere Apotheken (Personal, Umsatz) sowie Stadt-, Land-, Rand-, Grenzlagen im jeweiligen Kammerbereich vertreten sein. Apotheken, die diese Anforderungen erfüllen, werden von der AMK mehrmals im Jahr per Online-Fragebogen um Auskunft zu Themen der Pharmakovigilanz und Arzneimitteltherapiesicherheit gebeten. Die Ergebnisse der 39. Umfrage zum Missbrauchs- und Abhängigkeitspotenzial von Schlaf- und Beruhigungsmitteln wurden in der Pharmazeutischen Zeitung Nr. 20 vom 16. Mai 2013, Seite 20-24 veröffentlicht.

Die Referenzapotheken der AMK sind an einem Aufkleber und/oder einem Logo mit dem Schriftzug „Referenzapotheke der Arzneimittelkommission der Deutschen Apotheker (AMK)“, zu erkennen.